D’utilité publique, la Fondation Arc-En-Ciel est implantée dans les départements de la Franche-Comté (Doubs, Jura, Territoire de Belfort, Haute-Saône). Elle conduit des missions d’intérêt général et de services rendus au public dans les domaines sanitaire et social.
Elle est un acteur de l’économie sociale et solidaire et participe au développement du secteur en nouant des relations partenariales avec des entreprises et associations.
Sa mission principale est d'accompagner toute personne fragilisée par la maladie, le grand âge ou le handicap.